Dia kemudian menempuh pendidikan tinggi dengan mengambil gelar Sarjana Muda di Fakultas Syariah Perguruan Tinggi Ilmu Al-Quran (PTIQ) Jakarta tahun 1981. Pada 1985, dia berhasil meraih gelar Sarjana Lengkap pada Fakultas Syariah, Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Syarif Hidayatullah Jakarta.
Adapun gelar Doktor bidang Islamic Studies sukses ia raih di Universitas Hamburg, Jerman pada 1995.
Pendiri Yayasan Darussa'adah Rowosari Kendal itu memiliki banyak pengalaman di berbagai bidang. Pria 60 tahun ini pernah menjabat sebagai Ketua Jurusan Muamalah/Ekonomi Islam, Fakultas Syariah IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta 1997-1998.
Dia kemudian menjadi pembantu rektor IV (bidang kerjasama) IAIN Jakarta tahun 2000-2003, dilanjutkan pembantu rektor I (bidang akademik) UIN Jakarta tahun 2003-2007).
Pada periode 2004-2010, Masykuri dipercaya menjadi Ketua Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU). Selain itu, dia juga menjadi pengurus Badan Wakaf Indonesia (BWI) tahun 2007-2014, serta Sekretaris Bidang Kehidupan Beragama Dewan Pertimbangan Presiden tahun 2008-2014.
Masykuri akan bekerja sebagai Staf Khusus Wakil Presiden bersama tujuh orang lainnya. Mereka adalah Ketua MUI Bidang Ekonomi Lukmanul Hakim sebagai Staf Khusus bidang ekonomi dan keuangan, Mantan staf khusus Menteri Pertanian Amran Sulaiman, Sukriansyah S. Latief sebagai Staf Khusus bidang infrastruktur dan investasi.
Selanjutnya, aktivis Muhammad Imam Aziz sebagai Staf Khusus bidang penanggulangan kemiskinan dan otonomi daerah, mantan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi, Mohamad Nasir sebagai Staf Khusus bidang reformasi birokrasi.
Diikuti Ketua PBNU Robikin Emhas sebagai Staf Khusus bidang politik dan hubungan antarlembaga, Wakil Sekretaris Jenderal PBNU Masduki Baidlowi sebagai Staf Khusus bidang komunikasi dan informasi, serta Guru Besar Fakultas Hukum Universitas Indonesia Satya Arinanto sebagai staf khusus bidang hukum.
